Mutaguchi berasal dari daerah Saga di Jepun dan lulus pada pangkat ke-22 dari Akademi Tentera Darat Imperial Jepun pada tahun 1910. Beliau juga lulus dari Maktab Staf Tentera Darat Jepun pada tahun 1917.

Mutaguchi berkhidmat dengan angakatan tentera Jepun semasa Campur Tangan Siberia menentang Tentera Merah Bolshevik di wilayah Timur Jauh Rusia. Kemudian beliau ditugaskan sebagai atase tentera di Perancis.[1]

Beliau memegang beberapa jawatan ketenteraan di Tokyo dan mencapai pangkat kolonel sebelum dihantar ke China untuk menyandang jawatan pegawai memerintah pasukan garison di Beijing. Beliau memerintah Rejimen Infantri Pertama di China antara tahun 1936 dan 1938 dan selepas itu beliau menjadi pegawai staf di markas tentera di Kwantung.

Semasa di China, unit-unit yang bertanggung jawab kepada Mutaguchi terlibat dengan Insiden Jambatan Marco Polo pada 7 Julai 1937, suatu insiden yang membantu mencetuskan Perang China-Jepun Kedua. Mutaguchi dinaikkan pangkat ke Mejar Jeneral dalam tahun 1938.[2]

Mutaguchi dinaikkan pangkat ke Leftenan Jeneral pada permulaan Perang Pasifik pada tahun 1940 dan dilantik panglima Divisyen Ke-18 Tentera Darat Imperial Jepun dalam bulan Apri 1940. Divisyen ini terlibat dengan serangan awal terhadap Tanah Melayu dan seterusnya serangan terhadap Singapura. Mutaguchi sendiri tercedera dalam Pertempuran Singapura dalam bulan Februari 1942. Divisyen Ke-18 dipindahkan ke Filipina selepas kejatuhan Singapura dan pada bulan April 1942 Divisyen ke-18 dipindahkan ke Burma.

Mutaguchi kemudiannya dilantik panglima Tentera Darat Ke-15 dan mengatur gerakan untuk mara ke Assam (India British), sutau gerakan yang membawa kepada Pertempuran Imphal. Mahupun serang terhadap Imphal gagal, Mutaguchi enggan membenarkan anggotanya berundur dan sebaliknya memecat panglima-panglima divisyennya. Lebih kurang 50,000 daripada kekuatan angkatannya seramai 65,000 orang maut akibat kebuluran atau penyakit. Dengan kegagalan teruk serangan yang dirancangnya, Mutaguchi sendiri dilucutkan jawatan dan diarah pulang ke Tokyo di mana beliau dipaksa bersara.[3]

Mutaguchi diarah kembali ke perkhidmatan dalam tahun 1945 sebagai komandan sebuah maktab tentera.

Selepas perang, beliau ditangkap bagi mengahadapi tuduhan melakukan jenayah perang dan dibawa ke Singapura untuk menghadapi tribunal tentera. beliau didapati bersalah dan dipenjarakan. Beliau dibebaskan pada bulan Mac 1948 dan pulang ke Tokya. Beliau meninggal dunia di Tokyo pada 2 Ogos 1966.